员工的增减及薪酬变化，虽然不像财务报告中的资产负债表那么受人关注，但是管中窥豹，这两个指标可以反映出公司的经营状况和经营方向转变，当然也可以从中发现公司财务调节的手段。5月16日，全国股转公司连发4份年报问询函，对新三板挂牌公司2017年年报中存在的问题进行了问询。其中对爱科赛的问询函显示，公司员工2017年薪酬同比下降34.99%，但是员工数量与上年相比仅减少6人。
爱科赛并非个例，全国股转公司前后已陆续发过近30份年报问询函，其中三分之一的问询函都对公司员工变动、薪酬情况进行了问询。
除了像爱科赛那样薪酬大幅下降的公司，全国股转公司关注更多的是员工薪酬大幅增加的情况。
九恒星2017年年报显示，期末员工人数为574人，期初为549人，本期支付给职工以及为职工支付的现金支出为1.15亿元，较上年同期增加2667.5万元。据计算，九恒星2017年员工平均薪酬为20万元，2016年同期为16万元，人均薪酬的涨幅超过20%，全国股转公司对薪资增加的原因与合理性进行了问询。
日升昌2017年期末不良贷款率由27.36%升至42.39%，上升幅度较大，表内核算的应收利息大幅减少。但是奇怪的是，公司2017年职工工资及福利为126万元，同比上涨68.84%，原因为报告日内公司完成不良贷款催收考核任务，绩效考核增加。这个表述明显与公司不良贷款率上升的事实矛盾，而且日升昌已经连续两年亏损，营收、净利润都大幅下降，引发了全国股转公司的注意。
像日升昌这样业绩亏损、员工薪酬却大幅增长的公司，必然会引发监管层的注意，这不仅仅是单纯关注员工情况，更是对公司经营状况、财务规范的一种拷问。
除了薪酬的增减，员工数量或许能更加直接地反映出公司本身的状况。全国股转公司对挂牌企业员工变动，尤其是核心或研发人员变动情况格外关注。
从事传感器研发生产的奥迪威年报显示，公司2017年度营业收入较上年同期下降6.95%，员工人数较上年同期下降12.09%，其中生产人员下降比例为18.26%。全国股转公司要求公司解释原因及合理性。奥迪威表示，公司2017年营收下降的主要原因是订单收缩。原材料价格上涨，人工成本不断上升，使得营业成本增加。
还有一些公司属于高新技术企业，研发人员及研发项目尤为重要。核心技术人员或者研发人员的流失，可能会对公司的生产经营带来影响。
华燕房盟年报显示，公司2017年研发支出发生金额为8083万元，其中予以资本化的比例为97.12%。但是，公司2017年研发人员从期初102人降至期末的28人。研发人员大幅下降，但公司拥有的专利数量却毫无变化。因此，全国股转公司要求华燕房盟从研发人员配备情况、研发开展方式等角度补充说明是否具备研发能力以及研发费用资本化的合理性。
卡联科技与太尔科技的研发人员都出现了缩减，全国股转公司同样要求它们解释这种情况将对公司项目研发产生什么影响以及是否还具备研发能力。
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